Le complexe du temple de Philae se dressait sur son site d'origine depuis deux millénaires avant que la construction du premier barrage d'Assouan en 1902 n'immerge ses fondations pendant la moitié de chaque année. Lorsque l'UNESCO est intervenue dans les années 1960, la montée des eaux du lac Nasser menaçait de l'effacer complètement. Le transfert vers l'île d'Agilkia a préservé non seulement l'architecture mais aussi la logique spatiale du site — cours à colonnades, salles hypostyles et un sanctuaire autrefois scellé à tous, sauf au clergé d'Isis.
Philae était le dernier temple en activité de l'ancienne religion. Des inscriptions hiéroglyphiques enregistrent des offrandes faites ici jusqu'au VIe siècle, longtemps après que le reste de l'Égypte se soit converti. L'île elle-même était considérée comme un sol sacré, interdit aux pèlerins ordinaires, qui ne pouvaient s'approcher que par bateau et observer les rituels à distance. Le temple principal, dédié à Isis, domine le complexe avec une façade de pylône sculptée en haut-relief — Ptolémée XII frappant ses ennemis, barques célestes, disques solaires ailés. Derrière les cours extérieures se trouve le mammisi, ou maison de naissance, où les rites annuels célébraient la naissance divine d'Horus. Des ajouts romains sont visibles dans le kiosque à colonnades de Trajan, un pavillon sans toit qui servait autrefois de porte d'entrée cérémonielle depuis le Nil.
Les sculptures conservent une grande partie de leurs détails d'origine malgré des siècles sous l'eau. Les graffitis français gravés par les soldats de Napoléon en 1799 partagent l'espace mural avec l'écriture démotique et les inscriptions méroïtiques laissées par les pèlerins nubiens. La croix copte ciselée sur des reliefs pharaoniques marque la période où le temple a été reconverti en église. Les hiéroglyphes sur les murs du sanctuaire intérieur décrivent le mythe d'Osiris et le cycle annuel des inondations, liant le calendrier liturgique du temple aux rythmes du fleuve.
Aujourd'hui, chaque visite du temple de Philae commence par un transfert en bateau à moteur depuis la marina d'Assouan. L'île n'a aucune habitation permanente et ferme au coucher du soleil, sauf pendant le programme son et lumière du soir. Le projet de sauvetage de l'UNESCO a transformé Agilkia en une quasi-réplique des contours de l'île originale, aménageant le rocher en terrasses pour correspondre à l'orientation du temple vers le Nil. Le complexe reçoit moins de visiteurs qu'Abou Simbel mais reste l'un des exemples les plus complets d'architecture religieuse ptolémaïque encore debout.
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